Rempah segar mempunyai kerentanan yang tinggi dalam kontaminasi bakteri pembusuk. Kadar air yang tinggi membuat rempah segar menajdi media yang sangat baik untuk pertumbuhan jamur atau kapang. Sehingga, menyimpan rempah segar perlu teknik tersendiri.
Masing-masing jenis rempah mempunyai karakteristik penyimpanan yang berbeda. Untuk rempah jenis rimpang, cara penyimpanannya adaalah dengan cara dicuci bersih, dibungkus rapat menggunakan kertas (agar sirkulasi udara tetap berjalan) lalau disimpan di lemari pendingin. Begitu pula untuk cabai, sebelum dimasukkan ke dalam lemari pendingin sebaiknya dibungkus kertas terlebih dahulu. Hindari penggunaan plastik untuk menyimpan rempah yang mengandung kadar air tinggi, sebab ini akan menyebabkan rempah lebih mudah mengalami pembusukan.
Penyimpanan rempah berkadar air tinggi dalam freezer tidak disarankan karena ini akan menyebabkan kerusakan pada sel-sel tumbuhan. Pendidingan yang terlalu cepat dengan suhu yang sangat rendah akan menyebabkan chilling injury yang nantinya akan mengakibatkan kerusakan pada saat di thawing atau dicairkan.
Apabila ada bumbu atau rempah yang sudah mulai busuk, segera pisahkan dari bumbu yang lain. Sebab, kerusakan sel yang dibiarkan akan menjalar kepada sel-sel disekitarnya. Akhirnya pembususkan tidak dapat dihindari.
Penanganan bumbu kering berbeda dengan bumbu atau rempah segar. Rempang kering lebih baik disimpan dalam toples kaca di suhu ruangan (25-28 C). Bumbu olah siap pakai juga tidak terlepas dari bahaya kontaminan. Terutama bumbu siap pakai yang mengandung kadar air yang cukup tinggi seperti kecap, tauco, dan saus. Simpan bumbu-bumbu ini di tempat kering dan sejuk. Namun apabila sudah dibuka, lebih baik disimpan di dalam lemari pendingin untuk menghindari pertumbuhan jamur. Pada saat membeli, pastikan produk yang digunakan sudah terdaftar di BPOM dan halal MUI. Perhatikan pula tanggal kadaluarsa.
Untuk bumbu basah berbentuk pasta seperti bumbu yang sudah dihaluskan, cara penyimpanannya dengan cara ditumis dulu untuk membununuh mikroba, lalu simpan di dalam botol kaca steril tertutup. Selanjutnya simpan di lemari pendingin.